با پیروزی انقلاب اسلامی، امام خمینی(ره) از دهم اسفند ۵۷ به قم رفته و در این شهر مستقر شدند. آیتالله طالقانی به مرحوم حاج احمد در تماسی میگوید: به امام(ره) بگویید: حالا که نظام جمهوری اسلامی برقرار شده است دستور فرمایید نماز جمعه هم اقامه شود. مرحوم حاج احمد پیام را به امام میرسانند و امام (ره) فرمودند: خودشان (مرحوم طالقانی) این کار را انجام دهند و نماز جمعه را بخوانند. بر همین اساس بود که به حکم حضرت امام(ره)، اولین نماز جمعه در پنجم مردادماه ۱۳۵۸ با شرکت بیش از یک میلیون نفر از مردم مسلمان روزهدار تهران در گرمای شدید تابستان به امامت مرحوم آیتاللّه طالقانی در دانشگاه تهران با شکوه و جلوه خاصی برگزار شد.
پنجم مردادماه سال 1358 همايش هفتگی مسلمانان ايران، پس از سالها تعطيلی به امامت آيتالله طالقانی در دانشگاه تهران برگزار شد. امام خمينی(ره) برگزاری نماز جمعه را يک ضرورت میدانست كه با حكمی شفاهی آيتالله طالقانی را برای امامت جمعه موقت در تهران منصوب كرد. آيتالله طالقانی نيز در جمع گسترده مردمی كه از همه عقايد و انديشهها در دانشگاه تهران حاضر بودند و شعار «خمينی بتشكن امام امت ماست» «رهبری خمينی اساس وحدت ماست» سر میدادند، در اولين خطبه نماز جمعه پس از انقلاب اسلامی گفت: «دسيسههای احمقانه در اطراف كشور ما چه میكنند؟ چه میخواهند؟ چرا برادركشی راه میاندازند؟ برای اينكه اين صف را متلاشی كنند برای اينكه اين وحدت را از ميان بردارند؟ وحدتی كه از درون دلها و وجدانها سرچشمه گرفته؟ وحدتی كه با رهبری قاطع اسلامی به حركت در آمده دنيا را نگران كرده است.»
از آنجايی كه اين خطبهها برای اولين بار در تهران انقلابی برگزار میشد، مردم به روال معمول با بيان «صحيح است» خطبهها را تأييد میكردند اما آيتالله طالقانی توضيح دادند «خطبههای نماز جمعه چون نماز است از شعار دادن برای اينكه اختلالی در نماز پيش نيايد خودداری كنيد.» وی در پايان خطبههای كوتاه اولين نماز جمعه تهران تأكيد كرد: «فبشر عبادالذين يستعمون القول فيتبعون احسنه اولئك الذين هدي بالله و....»؛ اين درس ماست، اين مكتب ماست كه حرف حسابی را بشنويم صاحب عقلها هدايت يافتهها چنين هستند، اين وسيله كمال انسانی است كه حرف طرف، حرف مخالف شنيده شود و بعد بهترين گرفته شود. در مجلس ما هم بايد مخالفان بيايند، اگر نيايند هم بايد دعوتشان كنيم تا اينكه حرفشان گفته شود.
اولين امام جمعه تهران شش هفته بيشتر مسئولیت اقامه نماز را بر عهده نداشت و در 19 شهريورماه 1358 دار فانی را وداع گفت.