پس از واقعه مدرسه فیضیه، گروهی از بازاریان و کسبه انقلابی به این نتیجه رسیدند که تنها راه مبارزه با رژیم پهلوی اقدام مسلحانه است و آن شیوه را «مبارزه مثبت» نامگذاری کردند. بنابراین حاجصادق امانی به همراه حاجمهدی عراقی، حبیباللّه عسگر اولادی، عباس مدرسیفرد، احمد شهاب، صادق اسلامی، سیداسداللّه لاجوردی و تعدادی دیگر با ترکیب و تلفیق هیئتهای مسجدهای شیخعلی، امینالدوله و اصفهانیها، «هیئتهای مؤتلفه اسلامی» را تشکیل دادند. سپس صادق امانی به همراه مهدی عراقی شاخه نظامی، هیئت را به وجود آوردند و نیروهای عملیاتی تحت نظر آنها مشغول آموزش شدند.
امانی پس از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ خورشیدی و سرکوب شدید مردم به عنوان مغز متفکر هیأتهای موتلفه بر تغییر تاکتیک اصرار داشت و بر این عقیده بود که «تنها حرف زدن و اعلامیه دادن فایدهای نخواهد داشت و باید کاری کرد که مثل بمب در دنیا صدا کند». از این رو به همراه مهدی عراقی در پی عملیات مسلحانه بودند تا با سران رژیم مقابله کنند.
پس از آنکه در ۱۳ آبان ۱۳۴۳ خورشیدی، امام (ره) به ترکیه تبعید شدند و این عمل رژیم، خشم آنها را برانگیخت و تصمیم گرفتند تا پاسخی قاطع به رژیم بدهند. آنها یکی از افراد مؤثر در تبعید امام (ره) را حسنعلی منصور نخستوزیر میدانستند که لایحه کاپیتولاسیون را در مجلس شورای ملی به تصویب رسانده بود. امانی به همراه دیگر اعضای هیأت مؤتلفه با برداشت ضمنی که از مجوز شرعی شورای فقها هیئت موتلفه و تأیید آیتالله سیدمحمدهادی میلانی از مراجع تقلید مبنی بر مفسد فیالارض و مهدورالدم بودن حسنعلی منصور به دست آورده بودند، تصمیم به اعدام انقلابی او گرفتند.
امانی که رهبری شاخه نظامی موتلفه را بر عهده داشت «عملیات بدر» را برای ترور حسنعلی منصور طراحی کرد و مسئولیت آن را خود به همراه برادرش حاجهاشم و مهدی عراقی بر عهده گرفت آنها در یکم بهمن ۱۳۴۳ خورشیدی عملیات را اجرایی کردند. در این روز منصور با تیراندازی محمد بخارایی و پشتیبانی آتش امانی در روبروی مجلس در میدان بهارستان به ضرب چند گلوله کشته شد.
بخارایی در هنگام گریختن از صحنه، دستگیر شد. پس از انتقال او به کلانتری میدان بهارستان، مرتضی نیکنژاد، رضا صفارهرندی و سیدعلی اندرزگو در میدان شوش اسلحههای خود را به امانی تحویل دادند و به خانههای خود رفتند اما مأموران آنها را دستگیر کردند. سپس امانی که مخفی شده بود، تحت تعقیب قرار گرفت و پس از ۱۰ روز در منزل سیدابوالقاسم رضویفرد دستگیر شد و بعد از آن حبیبالله عسگر اولادی و مهدی عراقی نیز دستگیر شدند.
دادگاه رژیم پهلوی، حاجصادق امانی را به همراه محمد بخارایی، رضا صفارهرندی، مرتضی نیکنژاد و سیدعلی اندرزگو (به صورت غیابی) به اعدام و حاجمهدی عراقی و حبیبالله عسگراولادی را به حبس ابد محکوم کرد و با وجود اعتراض برخی از علما مانند سیدعبدالله شیرازی، حاجصادق امانی به همراه یارانش در سحرگاه ۲۶ خرداد ۱۳۴۴ خورشیدی در پادگان حشمتیه تهران اعدام شدند.
انتهای پیام