سیدجواد حوالی پاییز ۱۲۷۴ هجری شمسی در نجف اشرف به دنیا آمد. در همان دوران خردسالی بود که خانوادهاش به تبریز بازگشت. به همین دلیل هم او از همان زمان در جریان حوادث و رخدادهای نهضت مشروطه قرار داشت. احتمالاً خاطراتی از فعالیتهای شوهرخواهر خود شیخ محمد خیابانی داشته باشد. نوجوان بود که پدرش آیتالله سیدحسین خامنهای درگذشت؛ دروس مقدماتی را در تبریز گذراند. حوالی سالهای ۱۲۹۷ هجری شمسی بود که راهی مشهد شد و سفری که مسیر زندگی او را تغییر داد. از او نقل میکنند که به نزدیکانش گفته بود اگر زندگی اینی است که در مشهد میگذرد ما تا پیش از این عمرمان را به بیهودگی گذراندهایم. همجواری با حرم رضوی، زندگی او را وارد مرحله جدیدی کرده بود.
مادرش در همین ایام درگذشت تا بعد از درگذشت پدر در نوجوانی، سیدجواد حالا در سالهای جوانی دوباره یک غم بزرگ دیگر را هم تجربه کند. تصمیم سیدجواد برای اقامت دائم در مشهد بعد از درگذشت مادر جدی و همجوار حضرت رضا(ع) شد. بعد از حدود هشت سال اقامت در مشهد برای تکمیل مراتب علمی راهی نجف اشرف و حوزه علمیه این شهر شد. آیات عظام محمدحسین نائینی، آقاضیاء عراقی و سیدابوالحسن اصفهانی از جمله اساتیدی بودند که سیدجواد در این مدت پای درسشان حاضر بود.
حاج سیدجواد پس از چند سال حضور در درس آیتالله نائینی از ایشان اجازه روایت و اجتهاد گرفت و بعد از ۵ سال دوباره به ایران بازگشت و راهی مشهد شد اما همزمان با ضایعه مرگ همسرش روبهرو شد تا سومین تجربه تلخ را پس از درگذشت پدر و مادرش در آستانه دهه چهارم زندگی تجربه کند. همین هم باعث شد تا این مرتبه با بانو خدیجه میردامادی، دختر آیتالله حاج سیدهاشم نجفآبادی میردامادی عالم مشهور مشهد پیوند همسری ببندد. از آیتالله سیدجواد خامنهای و بانو خدیجه میردامادی ۵ فرزند به یادگار مانده است که آیتالله سیدعلی خامنهای دومین آنهاست.
حاج سیدجواد هرچند با بازگشت از نجف به یک عالم صاحبنظر و مجتهد تبدیل شده بود، اما رغبتی به تشکیل جلسه درس از خود نشان نداد. این روحیه سیدجواد تا آخر عمر هم ادامه داشت؛ زمانی که پسرانش نماینده مجلس بودند و یکی دیگر از پسرانش هم رئیسجمهور بود. در همان دورهای که حاج سیدعلی خامنهای رئیسجمهور بود، او ساکن همان منزل محقری بود که ۵۰ سال قبل آنرا تهیه کرده بود با همان معماری و شکل و شمایل برای رفتوآمد به حرم رضوی هم حاج رضا با وانت پیکان قدیمیاش دنبالش میآمد و با هم به حرم میرفتند.
حاج سیدجواد تا سالها بعد که انقلاب اسلامی به پیروزی رسید و فرزندانش به مناصب مهم سیاسی و اجرایی رسیدند، کیفیت زندگی و معیشتش تغییر نکرد. در همان خانهای ساکن بود که ۵۰ سال قبل خریده بود. تنها فرقش این بود که تعدادی از متدینین مشهد که به او ارادتی داشتند، زمین کوچک کنار منزل را خریده و به خانه شصت هفتاد متریاش اضافه کردند تا خانهاش سه اتاقه شود. آیتالله سیدجواد خامنهای در نهایت بعد از ۹۱ سال زندگی مؤمنانه و زاهدانه توأم با تقوا و ایمان در چهاردهم تیرماه سال ۱۳۶۵ درگذشت.