Ito ay kinontrata malapit sa Lawa ng Putrajaya sa isang lugar na isang ektarya. Ang pagtatayo ng Putra Moske ay nagsimula noong 1997 at tumagal ng tatlong mga taon hanggang 1999. Pinangalanan ang Putra bilang parangal sa unang Punong Ministro ng Malaysia, si Tunku Abdul Rahman Putra Al-Haj.